吉安的歷史悠久。早在5000多年前的新石器時期，就有先民在這片肥沃的土地上披荊斬棘，生息繁衍。吉安市河東案山古文化遺址可以得到證明。夏商吉安市為中原九州之一的揚州西南境域；西周屬周文王五世孫周章封地；春秋屬吳。周元王三年（公元前473年），地入越。周顯王三十五年（公元前334年），地入楚。秦始皇二十六年（公元前211年），分天下為三十六郡，始置廬陵縣，屬九江郡。故吉安市古稱“廬陵”。漢代廬陵屬豫章郡。三國時期，豫章郡屬吳，興平元年（公元194年），孫策分豫章郡置廬陵郡，郡治在今泰和縣城西北15公里處。建安四年（公元199年），郡治遷西昌縣治（今泰和縣城西1.5公里）。西晉元康元年（公元291年），廬陵郡治遷石陽城（今吉水縣城東北8公里處）。東晉咸康八年（公元342年），太守孔倫遷建郡城于今吉安市區(qū)孔家灣附近。隋開皇十年（公元590年），改廬陵郡為吉州，故吉安又有“吉州”之稱，遷建州城于今吉安市區(qū)趙公塘一帶；大業(yè)三年（公元607年），復改吉州為廬陵郡。唐武德五年（公元622年），再改廬陵郡為吉州；永淳元年（公元682年），遷建州城于今吉安市區(qū)北門街道轄區(qū)內(nèi)；天寶元年（公元742年），改吉州為廬陵郡；乾元元年（公元758年），復改廬陵為吉州。宋開寶八年（公元975年），置吉州廬陵郡軍事。元至元十四年（公元1277年），廢吉州軍事，置吉州路總管府，領廬陵等8縣；元貞元年（公元1295年），改吉州路為吉安路，轄吉水、安福、泰和、永新四州、五縣，取吉水、安福兩州各一字命名為吉安路，寓“吉泰民安”之意，“吉安”之名自此始。明洪武元年（公元1368年），廢吉安路，置吉安府，轄9縣。清初沿明制；乾隆八年（公元1743年），析永新及安福地置蓮花廳，領9縣1廳，直至清末。
　　民國元年（1912年），廢吉安府，直屬江西省。1914年，置廬陵道于宜春，轄21縣，改廬陵縣為吉安縣。1916年，廬陵道遷至吉安。1926年，廢廬陵道，直屬江西省。1932年，全省劃行政區(qū)，置第九行政區(qū)公署于吉安。1939年，改第九行政區(qū)為第三行政區(qū)，設行政督察專員公署于吉安。

　　1949年6月30日，中共江西省委召開第三次會議，決定成立中共吉安地方委員會、吉安公區(qū)行政督察專員公署；7月16日，吉安城解放、地委、專署機關人員進駐吉安城；9月，吉安分區(qū)改為吉安專區(qū)；中共吉安地委初屬江西省委和贛西南行政區(qū)黨委領導。1951年7月贛西南行政區(qū)黨委撤消后，一直歸屬江西省。1968年5月，改吉安專區(qū)為井岡山地區(qū)。1979年7月再度改為吉安地區(qū)。2000年5月11日，經(jīng)國務院批準，撤銷吉安地區(qū)設立地級吉安市，轄吉州區(qū)、青原區(qū)、井岡山市、吉安縣、吉水、安福、峽江、新干、永豐、泰和、萬安、遂川、永新一市二區(qū)十縣。