鹽城生物圈保護區(qū)內(nèi)鳥類有19目54科262(226)(300多)種，是我國多種珍禽如鶴科、辟鳥虎鳥科、鷺科、雁科、鴨科、鸛科、鷗科等科鳥類的重要越冬地。區(qū)內(nèi)濕地是我國也是全球瀕危動物丹頂鶴越冬種群棲息地。本區(qū)恰處于黃河和長江中下游地區(qū)，是兩大界動物相互滲透的廣泛的過渡地帶，也是暖溫帶和亞熱帶的過渡地帶。因此動物區(qū)系包括鳥類區(qū)系具有南北過渡的特點。鳥類中經(jīng)濟價值較高的種類較多如白骨頂、綠頭鴨等。